病原微生物与疾病的关系主要有以下几种。

1.直接致病：
   某些病原微生物可以直接侵入人体细胞，引起感染性疾病，如感冒、流感等。

2.间接致病：
   某些病原微生物可以引起人体免疫系统的异常反应，导致过敏、风湿病等疾病的发生。

3.促进疾病恶化：
   某些病原微生物可以与人体内的其他病原体协同作用，促进疾病的发展和恶化。